El ARN es el mensaje que tus células están enviando ahora mismo: qué genes están encendidos y con qué intensidad. Con la secuenciación de ARN (RNA-seq) leemos todos esos mensajes a la vez, en un tejido completo o célula a célula. Diseñamos el estudio contigo, analizamos los datos e interpretamos los resultados en el contexto de tu pregunta.
Cada gen activo fabrica copias de ARN mensajero. La secuenciación de ARN (RNA-seq) captura todos esos mensajes de una muestra y los lee a la vez, millones de fragmentos en paralelo, para saber qué genes están encendidos y con qué intensidad.
Primero extraemos el ARN y lo convertimos en ADN complementario (ADNc), mucho más estable. Lo cortamos en fragmentos y le añadimos unas etiquetas (adaptadores) que permiten leerlo y saber de qué muestra viene cada fragmento. Después, el secuenciador lee millones de fragmentos a la vez. Por último, cada lectura se asigna al gen del que procede y se cuentan: cuantas más lecturas tiene un gen, más activo está. Así, una sola corrida mide la actividad de todo el transcriptoma.
No hace falta elegir genes de antemano: se miden decenas de miles a la vez, los que esperabas y los que nadie estaba mirando.
Cada lectura se cuenta, así que el resultado es cuantitativo y con un rango enorme: desde genes muy activos hasta los que apenas se expresan.
Además de cuánto se expresa cada gen, se ven variantes de un mismo transcrito (isoformas), ARN no codificantes y fusiones génicas.
Según tu pregunta, tu muestra y el nivel de detalle que necesites, elegimos contigo la técnica adecuada.
Nos encargamos de todo el proceso: preparación de librerías, secuenciación, análisis e interpretación. Si ya tienes tus datos, partimos directamente de ellos.
Captura el ARN mensajero codificante, con cola poly-A. Responde a preguntas de expresión diferencial, rutas activadas, mecanismo de acción y biomarcadores.
Todo el ARN salvo el ribosómico: codificante y no codificante. Indicado para muestras degradadas o FFPE, transcritos sin poly-A y una visión global.
ARN largos no codificantes y ARN circulares, para estudiar regulación génica, redes ceRNA y nuevos biomarcadores.
miRNA, piRNA y otros ARN de 18–40 nt: microARN reguladores y sus dianas, y biomarcadores en biofluidos.
Transcritos completos de extremo a extremo, para estudiar isoformas, splicing alternativo y anotación de genomas.
Lee el transcriptoma de cada célula por separado para descubrir tipos celulares, estados y poblaciones raras que en un tejido completo quedarían ocultos.
Ver single-cell con 10x Genomics →Profundidades orientativas: las ajustamos al organismo y al diseño de cada estudio.
Valores de referencia para un estudio estándar. Cada proyecto se ajusta a tu pregunta y a tu muestra.
| Aspecto | Detalle |
|---|---|
| Tipos de muestra | Tejido fresco o congelado, células, sangre, muestras en parafina (FFPE) o ARN ya extraído |
| Calidad del ARN | RIN ≥ 7 recomendado · protocolos específicos para ARN degradado, FFPE o poca cantidad de ARN |
| Profundidad de secuenciación | Según la técnica (ver tarjetas) · más profundidad para genes poco expresados |
| Longitud de lectura | Paired-end 150 pb |
| Organismos | Humano, ratón, rata y cualquier organismo con genoma de referencia |
Los datos de expresión son enormes, ruidosos y llenos de efectos técnicos. En lugar de forzarlos a encajar en modelos lineales rígidos, usamos modelos de inteligencia artificial que aprenden la estructura real de tus datos.
Revisamos tu pregunta, el tipo de muestra y qué quieres poder decidir con los resultados.
Proponemos la modalidad de RNA-seq, la profundidad de secuenciación y el diseño experimental más adecuados para tu pregunta y tu presupuesto.
Secuenciamos tus muestras (o partimos de tus datos), procesamos las lecturas y revisamos contigo los resultados preliminares.
Informe interpretado, figuras y una reunión para revisar los resultados y plantear los siguientes pasos.
Algunos ejemplos de preguntas que se responden con RNA-seq:
Qué procesos se activan o se apagan en cáncer, neurodegeneración, enfermedades autoinmunes o raras.
Cómo responde el transcriptoma a un fármaco y qué genes podrían convertirse en nuevas dianas terapéuticas.
Genes o microARN que distinguen grupos de pacientes y merecen convertirse en el candidato que valides después.
Qué células hay en un tejido u organoide y en qué estado se encuentran, con resolución de célula única.
Qué cambia antes y después de una intervención, un tratamiento o un estímulo, y en qué procesos biológicos.
Caracterización de líneas celulares, organoides y modelos animales para saber si reproducen la biología que buscas.
Al final del proyecto recibes:
Revisamos la secuenciación muestra a muestra para que los resultados se apoyen en datos sólidos.
Qué genes se activan o se apagan entre tus condiciones, con control de falsos positivos.
Los cambios agrupados en procesos y vías, para leer la biología y no solo una lista de genes.
PCA, volcano, heatmaps y boxplots listos para tu artículo, tu memoria o tu comité.
Un PDF que explica qué significan los resultados, más una reunión para revisarlo contigo.
Acceso a nuestro software para explorar los resultados sin programar: busca cualquier gen, compara grupos, filtra por significación y genera tus propias gráficas interactivas.
Lo que más influye en el resultado de un RNA-seq es el diseño del estudio y cómo se analizan los datos, sobre todo con pocas muestras y efectos sutiles. Por eso cuidamos especialmente:
Cuéntanos tu pregunta y el tipo de muestra y te enviamos una propuesta de diseño.