De una comunidad microbiana a conclusiones accionables: qué especies hay, qué genomas la componen y qué genes (resistencias, virulencia, funciones) codifican. Investigación contratada con el rigor de un laboratorio clínico, validada contra material de referencia certificado.
El análisis de microbioma impulsa la investigación traslacional, los ensayos de intervención y la caracterización de patógenos. Trabajamos como CRO de investigación; no emitimos diagnóstico clínico regulado.
Asociación de especies y funciones microbianas con fenotipos clínicos para descubrir biomarcadores candidatos.
Efecto de probióticos, dieta o fármaco sobre la microbiota: análisis antes/después y longitudinal con estadística.
Genoma, tipado de cepa y resistencias de un aislado o de la comunidad de una muestra clínica.
Cómo la microbiota metaboliza o modula la respuesta a tratamientos (farmacomicrobiómica).
Resistoma de paciente o cohorte: qué genes de resistencia circulan y en qué organismos.
Intestinal, oral, cutáneo, vaginal o respiratorio: composición y función específicas del nicho.
Identificación y abundancia de especies a partir de secuenciación shotgun, sin necesidad de cultivo. Rápido, sensible y con filtrado experto del ruido.
Clasificación por k-mers (Kraken2) y re-estimación de abundancia (Bracken): tabla de especies y porcentajes.
Confirmación por genes marcadores (MetaPhlAn) para reducir falsos positivos en llamadas a nivel de especie.
Abundancia diferencial entre grupos o puntos temporales (antes/después, tratamiento) con estadística.
Índices de diversidad alfa y beta, ordenaciones (PCoA) y estructura de la comunidad.
Gráficos Krona navegables e informe MultiQC, además de tablas CSV para tu propio análisis.
Criterio experto (parentesco, umbral, consenso multi-método) para separar señal real del ruido de base de datos.
De FASTQ crudo a tabla de especies y figuras, con eliminación de ADN del hospedador.
FastQC + fastp; recorte de calidad
Eliminación de ADN humano
Kraken2 (+MetaPhlAn)
Bracken
Krona, MultiQC, estadística
| Parámetro | Especificación por defecto |
|---|---|
| Tecnología | Metagenómica shotgun (Illumina paired-end); también amplicón 16S bajo petición |
| Formatos de entrada | FASTQ (también BAM/CRAM); o reanálisis de datos públicos (SRA/ENA) |
| Herramientas | Kraken2 + Bracken + Krona; MetaPhlAn opcional para alta especificidad |
| Entregables | Tabla de especies (CSV), gráficos Krona, informe MultiQC e interpretado (PDF) |
| Validación | Pipeline validado contra material de referencia certificado (ATCC MSA-1003) |
Ensamblaje de novo y reconstrucción de genomas completos de los miembros de la comunidad, sin cultivo. Habilita tipado de cepa y análisis funcional fiable.
MEGAHIT y metaSPAdes para reconstruir contigs a partir de las lecturas.
Seis binners (MetaBAT2, MaxBin2, CONCOCT, SemiBin2, COMEBin, MetaBinner) para agrupar contigs en genomas.
Completitud y contaminación de cada genoma según estándar MIMAG.
GTDB-Tk + identidad ANI: especie y comparación a nivel de cepa.
Prokka (Prodigal): catálogo de genes, productos, ARNt/ARNr.
Refinado de bins (DAS_Tool) y detección de quimeras (GUNC) para genomas nivel publicación.
Cribado de los genomas contra bases de datos curadas para entregar capacidades reales —resistencias, virulencia, biosíntesis— y no predicciones por nombre de gen.
Genes de resistencia confirmados por genoma y por clase de antibiótico.
Factores de virulencia confirmados: toxinas, adhesinas, cápsula, secreción.
Minería de clústeres de biosíntesis y péptidos: candidatos contra multirresistentes.
El reto del microbioma no es generar una lista de especies, sino saber en cuáles confiar. Aplicamos el rigor de un laboratorio clínico a cualquier muestra: límite de detección caracterizado, filtrado de falsos positivos y trazabilidad completa.